Το 1898, διάσημος πια και σεβαστός, ο Ζολά έμελλε να συνταράξει συθέμελα τη γαλλική κοινωνία και να διακινδυνεύσει τη σταδιοδρομία του καθώς ανακατεύτηκε στην περίφημη υπόθεση Ντρέιφους, που έκανε πάταγο εκείνη την εποχή. Ήταν ο μόνος που υπερασπίστηκε το Ντρέιφους στέλνοντας ανοιχτή επιστολή στο Γάλλο πρόεδρο, η οποία δημοσιεύτηκε στις 13 Ιανουαρίου του 1898 στο εξώφυλλο της παριζιάνικης καθημερινής εφημερίδας L’Aurore, του Ζωρζ Κλεμανσώ, υπό τον τίτλο ?Κατηγορώ!?. Ο Ζολά ξεσκέπασε μία μηχανορραφία που κόστισε την ελευθερία στο στρατιωτικό Άλφρεντ Ντρέιφους εξαιτίας του αντισημιτισμού του Υπουργείου Αμύνης. Το γράμμα αυτό προκάλεσε αίσθηση σε όλο τον κόσμο. Η πρόθεση του Ζολά ήταν να κατηγορηθεί ο ίδιος για συκοφαντική δυσφήμιση ώστε να δημοσιοποιήσει τα νέα αποδεικτικά στοιχεία προς στήριξη του Ντρέιφους[8]. Την αποκάλυψη ακολούθησαν δραματικά γεγονότα. Πολλές γαλλικές εφημερίδες τον χτύπησαν, μποϊκόταραν τα βιβλία του και ο ίδιος μόλις κατόρθωσε να σωθεί από τη μανία του όχλου δραπετεύοντας στην Αγγλία. Το γράμμα του όμως έφερε το αποτέλεσμα που ήθελε. Έγινε αναθεώρηση της δίκης και ο Ντρέιφους αποδείχτηκε αθώος, γεγονός που οδήγησε και στη μεταρρύθμιση του συστήματος, συμπεριλαμβανομένου του χωρισμού εκκλησίας και κράτους.